中性蛋白酶具有强大的作用，并已广泛用于制药，纺织，皮革，饲料和其他行业。 另外，中性蛋白酶对人体健康也有许多好处，例如抗炎和减轻肿胀。 。
1、抗炎症、肿胀作用：
①以热灼伤大鼠作炎症模型，口服给药后可见血管通透性亢进受到抑制；
②口服能抑制抗大鼠血清所致大鼠皮肤的炎性水肿，也能抑制角叉菜胶、葡聚糖、5-羟色胺、缓激肽等各种致炎物质所致的大鼠炎性水肿；
③体外对致炎症多肽缓激肽有很强的分解能力；
④对纤维蛋白、纤维蛋白原有很强的溶解能力，但对清蛋白、α-及β-球蛋白等机体蛋白质则几乎无作用。
2、促进痰液、浓液溶解与排泄的作用：
①对慢性副鼻窦炎病人有使鼻涕中干物质重量减少、粘度下降；
②对暴露于二氧化硫气体而罹患亚急性支气管炎的兔，可使痰液粘度显著下降。
3、促进抗生素向病灶部位移行的作用：
①对慢性副鼻窦炎病人能促进氨苄青霉素向上頜窦移行；
②对实验性膀胱炎的患兔，能促进美西林（氮艹卓脒青霉素）向膀胱壁移行。
4、焙烤行业的应用：
中性蛋白酶可将面团的蛋白质水解成胨、肽类甚至氨基酸，从而减弱面团筋力，使它具有良好的可塑性和延伸性，保持清晰美观的印花图案。改善成品的光泽、使饼干断面层次分明，结构均匀一致，口感松爽酥脆。
5、大豆分离蛋白的应用：
能水解大豆分离蛋白成小分子肽，大大提高了大豆分离蛋白的生物效价，使其易为人体消化吸收，同时还提高了溶解，降低了粘度，改善了大豆分离蛋白的功能特性。
6、啤酒工业：
添加中性蛋白酶分解蛋白质为多肽和游离氨基氮，特别对大麦，大豆等植物性蛋白作用效果明显，用于啤酒生产，可排除蛋白质产生的"冷混浊"现象。
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