白芥子具有较高的抗菌作用，例如，可用于治疗和抗木纹癣菌或皮肤真菌，还可用于治疗神经痛、风湿痛、胸膜炎症或扭伤。
1、抗真菌作用 白芥子水浸剂（1:3）， 在试管内对堇色毛癣菌、许兰氏黄癣菌等皮肤真菌有不同程度的抑制作用。
2、刺激作用 白芥子甙，本身无刺激作用，遇水后经白芥子酶的作用生成挥发性油（白芥子油）。芥子挥发油有刺鼻辛辣味及刺激作用。应用于皮肤，有温暖的感觉并使之发红，甚至引起水泡、脓疱。通常将芥子粉除去脂肪油后做成芥子硬膏使用， 用作抗刺激剂（刺激性药物使用于皮肤局部，其作用不仅限于用药部位，并牵涉到其他部位，产生治疗作用时， 称为抗刺激作用），治疗神经痛、风湿痛、胸膜炎及扭伤等。使用前先用温水湿润，以加强芥子酶的作用（沸水则抑制芥子酶的作用）。应用时间不超过15～30分钟，皮肤敏感者只能应用5～10分钟。芥子粉作为调味剂， 使唾液分泌及淀粉酶活性增加，使心脏体积和心率减少。小量可刺激胃黏膜增加胃液及胰液的分泌，有时可缓解顽固性呃逆。内服大量可迅速引起呕吐，可用于麻醉性药物中毒之治疗。
3、其他作用 白芥子甙水解物刺激胃黏膜，反射性引起支气管分泌增加， 使痰液变稀而起祛痰作用。
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