儿童百日咳的治疗临床上，大多数患儿罹患百日咳的，尤其6个月以下的婴儿，都应该住院接受治疗。此外，更大些的患儿中接近一半的也需要住院治疗。这种强化护理措施可以大大减小这些孩子出现并发症（最常见的并发症包括肺炎）的概率。
（下图为百日咳的临床表现和各期时间）患儿在住院期间，我们可能需要进行吸痰以清除呼吸道中浓稠的分泌物。同时，孩子需要接受呼吸监测和适当时候氧疗。百日咳患儿可能需要同其他患儿隔离，因为属于传染病，防止将病菌传染给其他人。
百日咳需要用抗生素治疗。抗生素在百日咳病程的第一阶段（也就是痉咳开始前）效果最佳。抗生素虽然可以阻止百日咳杆菌扩散但不能预防或治疗咳嗽。由于一般的止咳药不能有效缓解这种痉咳医生可能为你推荐一些家庭止咳的方法。
让孩子卧床休息并且在他的房间使用止咳雾化，有助于缓解孩子肺部和呼吸道中的不适，还有助于稀释呼吸道的分泌物。同时告知家属如何拍背，进而有助于咳出痰液，进而改善呼吸。已经确诊的百日咳患儿在结束5天的抗生素治疗之前应该待在家中，不要去幼儿园或者学校。
注:临床上雾化我们会给与布地奈德配合特布他林，加盐水雾化治疗。抗生素首选对百日咳杆菌敏感的大环内酯类抗生素，常用红霉素（如下图）。
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这种微生物特别狡猾，没有细胞壁，所以对抗生素的抵抗力比较强。更要命的是，它还喜欢在人多的地方“兜风”，比如学校办公室或者公交车这种地方。支原体肺炎的传播方式主要是通过空气中的飞沫，也就是说，当一个感染了支原体的人咳嗽或打喷嚏时，空气中就会混入这些带有病原体的小水珠。
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